W toku kontroli podatkowej organ kończy kontrolę wydając protokół kontroli.Protokół kontroli zawiera w szczególności:

• wskazanie kontrolowanego;
• wskazanie osób kontrolujących;
• określenie przedmiotu i zakresu kontroli;
• określenie miejsca i czasu przeprowadzenia kontroli;
• opis dokonanych ustaleń faktycznych;
• dokumentację dotyczącą przeprowadzonych dowodów;
• ocenę prawną sprawy będącej przedmiotem kontroli;
• pouczenie o prawie złożenia zastrzeżeń lub wyjaśnień oraz prawie złożenia korekty deklaracji;
• pouczenie o obowiązku zawiadomienia organu podatkowego przez kontrolowanego o każdej zmianie swojego adresu dokonanej w ciągu 6 miesięcy od dnia zakończenia kontroli podatkowej, jeżeli w toku kontroli podatkowej ujawniono nieprawidłowości, oraz skutkach niedopełnienia tego obowiązku.

Protokół jest sporządzany w dwóch jednobrzmiących egzemplarzach. Jeden egzemplarz protokołu kontrolujący doręcza kontrolowanemu.

Kontrolowany, który nie zgadza się z ustaleniami protokołu, może w terminie 14 dni od dnia jego doręczenia przedstawić zastrzeżenia lub wyjaśnienia, wskazując równocześnie stosowne wnioski dowodowe. Organ prowadzący kontrolę podatkową jest obowiązany rozpatrzyć zastrzeżenia i w terminie 14 dni od dnia ich otrzymania zawiadomić kontrolowanego o sposobie ich załatwienia, wskazując w szczególności, które zastrzeżenia nie zostały uwzględnione, wraz z uzasadnieniem faktycznym i prawnym.

W przypadku niezłożenia wyjaśnień lub zastrzeżeń w terminie 14 dni od dnia otrzymania protokołu kontroli, przyjmuje się, że kontrolowany nie kwestionuje ustaleń kontroli.